生信入门-R/Rstudio近期安装GSVA包后使用gsva函数报错Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct_电脑知识

生信入门-R/Rstudio近期安装GSVA包后使用gsva函数报错Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct

创始人

2024-11-04 15:05:37

解决方法如下：

（我的R版本4.4.0，GSVA版本1.52.5，官方表示只要保证均为最新应该是一句warning而不是error（然已确认全部最新版本但并未解决，因此出此方法））：

首先给一个gsvaP(or other names) <- ssgseaParam(
exprData = expr,
geneSets = cellMarker,
assay = NA_character_,
annotation = NA_character_,
minSize = 1,
maxSize = Inf,
alpha = 0.25,
normalize = TRUE
)

再gsva_data(or other names) <- gsva(gsvaP)

附解决思路:网页检索/仔细看报错/?gsva查看帮助页更新(最终解决途径)

P.S.: 个人R自学记录，为帮助遇到同样问题的朋友们，如有不对或更简单的解决方法欢迎大佬赐教

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