科学家在西伯利亚永久冻土中,找到了一头4万年前死亡的幼年猛犸象。
让人意外的是,他们从这头猛犸象的腿部组织里,成功提取并测序出迄今最古老的RNA。
这项研究发表在《细胞》杂志上,不光刷新了古代生物分子的保存纪录,更给古生物学研究开辟了一条从没走过的路。
很多人可能对DNA和RNA的区别一知半解,觉得它们都是生物体内的遗传物质。
其实两者的作用差得很远,DNA就像一套固定的建筑图纸,不管是生物的肝细胞还是脑细胞,拿着的图纸都完全一致。
RNA则是施工现场的实时记录,信使RNA会把DNA的指令传递出去,指导蛋白质合成,微小RNA还能精细调控基因的活跃程度。
斯德哥尔摩大学古遗传学中心的洛夫・达伦教授说得很明白,RNA本质上定义了细胞类型,能清楚告诉你哪些基因在特定时刻是开启的,哪些是关闭的。
如此看来,RNA比DNA更能反映生物的实时生理状态,但它也格外“娇气”。
RNA的化学结构不如DNA稳定,很容易被环境中的核糖核酸酶降解。
在常温环境下,细胞死亡后短短数小时到数天内,RNA就可能完全分解。
这头猛犸象的RNA能保存4万年,全靠西伯利亚东北部奥约戈斯亚尔地区的永久冻土。
这里的温度长期维持在零度以下,猛犸象死后迅速被冰冻,隔绝了大部分微生物活动和化学反应,相当于在分子层面按下了暂停键。
本来想,既然冻土保存条件这么好,提取RNA应该不算难事,但后来发现完全不是这么回事。
研究团队分析了十个猛犸象的冷冻组织样本,涵盖肌肉、皮肤和器官等不同部位,这些样本来自不同时期和地理位置。
可最终只有三个样本能检测到RNA片段,真正符合高质量、可详细分析标准的,只有这头名叫尤卡的猛犸象的腿部肌肉样本。
样本处理的每个环节都不能马虎,必须在严格控制的低温无菌条件下进行。
既要防止现代RNA污染样本,又要避免原本就脆弱的古代RNA进一步降解。
研究人员还改良了测序技术,才能识别和重建这些高度降解的RNA片段。
古代RNA通常会断裂成几十到几百个核苷酸的短片段,而完整的信使RNA可能包含数千个核苷酸。
通过计算生物学方法,研究团队把这些碎片化的序列比对到猛犸象的参考基因组上,才成功重建出原始转录本的部分序列。
通过对这些RNA序列的深入分析,研究人员居然读懂了尤卡生命最后时刻的生理状态。
数据显示,它的肌肉中慢肌纤维相关基因占据主导表达地位,这类肌纤维富含线粒体,依赖有氧代谢,更适合持久性活动而非爆发性运动。
研究团队推测,这可能反映了组织的“最终脉冲”,也就是细胞在濒死状态下的代谢特征。
以前研究古生物的临终状态,只能靠骨骼上的病变痕迹、胃里的残留物或者创伤痕迹来间接推断,误差往往很大。
现在有了RNA这个“细胞日记”,就能直接获取分子层面的证据,这在古生物学领域绝对是革命性的突破。
哥本哈根大学的博士后研究员埃米利奥・马尔莫尔・桑切斯领导的分析中,还检测到了肌肉特异性微小RNA。
这些微小RNA通常只有20-25个核苷酸长,通过与目标信使RNA结合来抑制蛋白质合成,它们的存在直接证明了当时基因调控网络正在运作。
斯德哥尔摩大学的马克・弗里德兰德在声明中强调,这是首次在古代标本中观察到实时发生的基因调控过程。
这头猛犸象的RNA带来的价值,远不止解读临终状态这么简单。
它在病毒进化研究、灭绝物种复活等多个领域,都展现出了巨大的应用潜力。
很多对人类有威胁的病原体,比如流感病毒、冠状病毒、埃博拉病毒,它们的基因组完全由RNA构成。
与细菌不同,这些RNA病毒不会在化石记录中留下直接痕迹。
以前科学家只能通过比较现代病毒株的基因组来推断它们的进化历史,这种“分子钟”方法存在不小的不确定性。
如果能从古代宿主组织中回收病毒RNA,就能给病毒进化提供直接的时间锚点。
就像科学家曾经从中世纪黑死病受害者牙齿中回收鼠疫杆菌的基因组,成功揭示了该病原体的演化动态和毒力因子的历史变化一样,RNA病毒的进化历史也可能通过这种方式被还原。
达伦教授就提到,把古代DNA的研究方法应用到RNA病毒上,将极大扩展我们对传染病历史的理解。
在灭绝物种复活领域,古代RNA也能发挥关键作用。
现在有生物技术公司致力于通过基因编辑技术“复活”猛犸象,他们以亚洲象为基础,计划编辑数千个基因位点,让亚洲象具备猛犸象的厚毛皮、脂肪层、适应寒冷的血红蛋白等特征。
但DNA只能提供静态的基因组蓝图,无法揭示哪些基因在不同组织和发育阶段实际发挥作用。
而古代RNA数据能提供关键指导,通过比较猛犸象和现代大象的组织特异性基因表达模式,科学家可以识别调控网络的差异。
比如哪些转录因子控制毛囊发育,冷适应相关基因如何被激活。
这些信息能帮助研究人员缩小需要编辑的基因范围,优先关注那些在表达水平上显示功能重要性的基因,让基因编辑更有针对性。
不过这项技术目前还存在不少局限。
十个样本中只有一个能提供高质量数据,这样的成功率想要建立常规分析流程还远远不够。
保存条件的微妙差异,比如冰冻速度、温度波动、地下水渗透、微生物活动,都可能决定RNA能否存活。
就算在永久冻土中,不同微环境的保存质量也有很大差异。
RNA提取和测序技术本身也有改进空间。
当前的方法最初是为现代或近代样本设计的,对于高度降解的古代材料并非最优。
而且由于缺乏完整的猛犸象转录组参考数据,研究人员必须依赖与现代大象的比对。
但四百万年的进化分歧让许多基因序列已经显著不同,可能导致部分RNA片段无法正确识别。
此外,区分真正的古代RNA与现代污染,也是一个需要持续攻克的技术难题。
让人欣慰的是,这项技术的探索之路一直在前进。
2023年,马尔莫尔・桑切斯领导的团队就从瑞典自然历史博物馆收藏的一只130岁塔斯马尼亚虎标本中提取并测序了RNA。
这只已经灭绝的有袋类食肉动物,标本经过化学防腐处理并在室温下保存了一个多世纪,尽管保存条件远不如永久冻土样本,研究人员仍然恢复了部分转录组数据。
更早之前,2019年科学家还从14300年前狼的永久冻土皮肤样本中检测到了RNA片段。
这些案例证明,RNA的保存存在一定的时间和条件边界,只要满足快速冷冻或脱水、持续低温、隔绝氧气和微生物等关键条件,就能实现长期保存。
全球数千家博物馆收藏的数百万计标本,其中许多代表着已灭绝或濒危物种,它们都可能成为RNA考古学的宝贵资源。
毫无疑问,从西伯利亚永久冻土中这头幼年猛犸象的腿部组织里,科学家提取的不仅是古老的RNA分子,更是一把解锁史前生命奥秘的钥匙。
这项研究既是对分子保存极限的技术探索,也是对时间、死亡与记忆本质的科学沉思。
虽然目前还面临诸多技术挑战,但它已经为我们打开了一扇通往史前生物学的全新窗口。
未来随着技术的不断进步,那些早已从地球上消失的生命,或许会以这种最微观的形式,向我们讲述更多不为人知的故事。